在生物质能的开发中，政府的导向和行业的管理有着举足轻重的作用。甘蔗是夏威夷州的一种主要农作物。在制糖过程中，将甘蔗中的糖汁压榨出来后会留下大量的甘蔗废料(甘蔗渣)。甘蔗渣所含有的生物质能可作为燃料发电。在州政府的补贴下，当地建立了一批燃烧甘蔗渣的发电厂。随之而来，是环保方的抗议活动促使砍伐被迫中断。巴西则经历了因发展生物燃料项目而对生物多样性带来的更大的负面影响。同样是在1980年代，因1970年代末期的高油价，巴西发起了一个用甘蔗生产乙醇的项目。当时政府补贴这种生产，但是1980年代末期糖价上涨，生产成本提高很多，直到1990年代末期这个项目又重新启动，并且迅速获得了市场渗透。大量的土地被用来种植甘蔗以应对快速增长的需求，这也导致亚马逊(湿润森林)和塞拉多(干旱森林)的一些热带森林被大量砍伐。为生产生物燃料而大量砍伐森林，是巴西生物燃料大量扩张的主要特点。无独有偶，为了生物燃料，印度尼西亚和马来西亚在热带森林清林而种植油棕榈，这是该地区毁林的主要源头。大规模转向生物燃料会加速这些负面效应，并可能传播到其他地区，例如中非。在夏威夷和巴西的实践经验表明，先进的能源政策导致替代能源供应有了预期增长，但市场压力却对自然系统带来了意想不到的破坏作用，而且预期生物燃料等可再生能源在形成规模后会对生物多样性造成更加严重的影响。
替代能源及其空间分布的平衡是决定对生物多样性影响的关键因素，因此了解每种能源的这种影响及其空间适宜性至关重要。与便利开采自然过程储存在地下的石油和天然气不同，任何可再生能源都需要利用土地来转化能量。本质上讲，石油和天然气是化石态的生物燃料，其需求土地的生产过程发生在过去。通常我们所考虑的石油和天然气生产对环境和土地利用的影响仅指其开采和运输方面的影响。因此，替代能源在土地利用和生物多样性方面有着更大的潜在影响。
